Liên đoàn có mục tiêu là thúc đẩy việc nghiên cứu khoa học vi sinh quốc tế: khởi xướng, tạo điều kiện và phối hợp nghiên cứu và các hoạt động khoa học khác liên quan đến hợp tác quốc tế; đảm bảo các cuộc thảo luận và phổ biến các kết quả của hội nghị quốc tế, hội nghị chuyên đề và các cuộc họp và hỗ trợ trong việc công bố các báo cáo của họ; đại diện cho khoa học vi sinh vật trong ISC và duy trì liên lạc với các tổ chức quốc tế khác.

IUMS thực hiện việc phân loại và danh pháp của vi khuẩn, nấm và vi rút, vi sinh thực phẩm, vi sinh y tế và chẩn đoán, các bộ sưu tập văn hóa, giáo dục, và tiêu chuẩn hóa sinh học.[4]